Za plagę, która spadła na Londyn odpowiedzialna była Yersinia pestis - bakteria roznoszona głównie przez szczury i pchły. Choroba, którą wywołuje nazywana jest potocznie morem, ale właściwą nazwą jest dżuma.
Przyjmuje się, że zarazę przywlokły do Londynu na początku 1665 roku holenderskie statki z bawełną. Epidemia trwała rok – od wiosny 1665 do wiosny następnego roku. Badacze szacują, że dżuma zabiła wówczas ponad 100 tys. mieszkańców miasta (Londyn liczył ok. 460 tys. mieszkańców). W wyniku epidemii zginął więc co czwarty londyńczyk. Część londyńczyków pamiętała podobne widoki – ulice zasłane trupami – z młodości. Czterdzieści lat wcześniej na dżumę zmarło nawet 40 tys. mieszkańców stolicy Anglii.
Największe spustoszenie epidemia z l. 1665/66 poczyniła w najbiedniejszych dzielnicach, gdzie gęstość zaludnienia była największa (plaga rozpoczęła się w dzielnicy Giles-in-the-Fields).
Władze miasta nakazały rozpalanie wielkich ognisk przed domami, a także polecały palenie tytoniu, co miało uchronić przed zapadnięciem na chorobę.
Ucieczka króla
Samuel Pepys, londyński urzędnik i słynny pamiętnikarz, zapisał wówczas w swoim dzienniku: „Boże, zachowaj nas!”.
„Strach szybko zaczął wkradać się do serc mieszkańców, każdy rozmawiał o zarazie i wyjeździe z miasta, jeżeli zaraza będzie zwiększała swoje żniwo” - pisał na gorąco Thomas Vincent, purytański duchowny z Londynu.
W związku z tragiczną sytuacją, miasto szybko opuścił król Karol II wraz z parlamentem. Co ciekawe jednak, z nielicznymi, drobnymi wyjątkami, zaraza nie rozprzestrzeniła się poza Londyn.
Epidemia zaczęła ustępować na przełomie 1665/66 roku. Całkowicie opuściła Londyn, gdy miasto nawiedziła kolejna katastrofa - wielki pożar, do którego doszło we wrześniu 1666 roku. W zgliszcza zamienione zostało wówczas 2/3 powierzchni miasta. Żywioł wybił większość populacji szczurów, które roznosiły dżumę. Zaraza z lat 1665/66 była ostatnią tak wielką epidemią dżumy na kontynencie europejskim.