Z chwilą rozpoczęcia rewolucji francuskiej mieszkańcy Wandei nie opuścili króla, ani nie dali się porwać wichrowi radykalnych przemian. Czarę goryczy przelało zabicie Ludwika XVI oraz zapowiedziany pobór do wojska, co spowodowałoby wyjazd na wojnę wszystkich zdolnych do pracy mężczyzn. 10 marca Wandejczycy rozpoczęli powstanie przeciwko lokalnym władzom rewolucyjnym oraz konstytucyjnym księżom. Wielka Armia Katolicka i Królewska walcząca pod sztandarami Burbonów, ze szkaplerzami maryjnymi na szyi i przypiętymi do piersi wyhaftowanymi czerwonymi sercami z napisem Bóg i Król (Dieu Le Roi), pomimo wielkich trudności, nie poddawała się przez 3 lata. W czasie całego powstania stoczono około 17 większych bitew i ponad 700 potyczek.
Powstanie wandejskie było powstaniem ludowym, choć w jego szeregach nie brakowało również szlachetnie urodzonych. Pierwszy jego przywódca, Jacques Cathelineau, zwany Świętym z Anjou był chłopem, który wierzył głęboko, że misja, którą otrzymał jest mu dana przez Boga. Armia pod jego dowództwem, licząca niemal 40 tysięcy ludzi, pod koniec czerwca 1793 r. zdobyła Nantes. Krótki był to jednak tryumf. W trakcie walk w mieście zginął Cathelineau. Morale Armii Katolickiej i Królewskiej załamało się, wiele osób opuściło jej szeregi i powróciło do domów.
Był to jednak dopiero początek powstania. Dla Paryża Wandea stawała się rosnącym problemem i skazą na rewolucji. 10 sierpnia do departamentu skierowano regularną armię (do tej pory powstańcy bili się z lokalnymi oddziałami republikańskimi) pod dowództwem Jean-Baptiste Klébera. Inny generał, François Joseph Westermann, który przybył do Wandei już miesiąc wcześniej, zaczął karać niepokornych Wandejczyków stosując taktykę spalonej ziemi, paląc ich uprawy, lasy i wioski. Wielu mieszkańców departamentu próbowało się ratować uciekając do leżącej za Loarą Bretanii. Powstańcy liczyli ponadto, że na pomoc wyruszy im Wielka Brytania. Od kilku tygodni wypatrywano brytyjskich statków – te jednak nie przybywały i, jak się miało okazać, wbrew oczekiwaniom i silnie antyrepublikańskim nastrojom na Wyspach, nie pojawiły się nigdy.2 sierpnia - o czym w swej książce „Rozważania o wojnie domowej” pisał Paweł Jasienica – Konwent wydał dekret, w którym zarządzał: „Minister wojny wyśle do Wandei wszelkiego rodzaju materiały palne, a to w celu zniszczenia drzew i zarośli. Lasy zostaną wycięte, schroniska buntowników zburzone, zbiory skoszone i wywiezione na zaplecze działającej armii, bydło domowe ulegnie konfiskacie. Majętności buntowników przejdą na własność Republiki. Kobiety, dzieci i starcy zostaną przeniesieni w głąb kraju, gdzie przez szacunek dla zasad ludzkości będzie się dbać o ich utrzymanie i bezpieczeństwo”.
Inny rozkaz – przytoczony przez Reynalda Sechera w książce „Ludobójstwo francusko – francuskie” - brzmiał: „Przeprowadzić eksterminację wszystkich powstańców, do ostatniego człowieka. Spalić ich farmy, wygnieść tych tchórzy jak pchły. Skruszyć tych ohydnych Wandejczyków”. Decyzje Konwentu oznaczały, że Wandea ma zostać zmieciona z powierzchni ziemi, aby żaden jej przyszły mieszkaniec nie myślał nawet o buncie.
Przez kolejne miesiące w całym departamencie trwały mniej lub bardziej regularne walki. Powstańcy nie poddawali się, odnosząc liczne, pomniejsze sukcesy – ludzie nie mieli nic do stracenia, dlatego ich wola walki była nieugięta. Trudno było jednak pokonać regularną, wyszkoloną i dobrze uzbrojoną armię. Pod koniec grudnia 1793 r., po bitwie pod Savenay, Wielka Armia Katolicka i Królewska przestała istnieć.
Generał Westermann w raporcie do Komitetu Ocalenia Publicznego pisał: „Nie ma już Wandei. Wraz ze swymi kobietami i dziećmi zginęła ona pod naszą wolną szablą. Grzebię ją w bagnach i lasach Savenay. Zgodnie z rozkazami, któreście mi dali, miażdżyłem dzieci kopytami koni, masakrowałem kobiety, które – przynajmniej te właśnie – nie będą już rodzić bandytów. Nie mam na sumieniu wzięcia chociażby jednego jeńca. Tępiłem wszystkich... Moi huzarzy mają przy końskich ogonach strzępy bandyckich sztandarów. Drogi są zasłane trupami. Jest ich tyle, że w wielu miejscach tworzą piramidy. Bez przerwy rozstrzeliwuje się w Savenay, ponieważ ciągle przybywają bandyci pragnący się poddać. My nie bierzemy jeńców; trzeba by im było dawać chleb wolności, litość zaś to nie rewolucyjna sprawa”.
Nie był to jednak koniec powstania (potyczki trwały aż do 1796 r., a niedobitki powstańców walczyły w lasach do 1800 r.) ani prześladowań. Westermann, co prawda, opuścił Wandeę, lecz jego miejsce zajął gen. Turreau, który przewodził oddziałom zwanym „kolumnami piekielnymi”. Ich zadaniem było całkowite i ostateczne spacyfikowanie departamentu. Gwałcono żywe i martwe kobiety. Zabijano dzieci, kobiety, starców oraz chorych w szpitalach. Symbolem prześladowań stało się masowe topienie ludzi w rzece Nantes. Żołnierze Turreau wiązali nagich, obcych sobie ludzi w pary po czym wyrzucali ich do rzeki. Morderstwa te nazywano prześmiewczo „małżeństwami republikańskimi”.
Tylko w okresie od stycznia do maja 1794 r. mogło zginąć w Wandei nawet 50 tysięcy ludzi. Łączna liczba ofiar nie jest znana i prawdopodobnie niemożliwa do oszacowania. Podaje się, że w latach 1794-1800 śmierć poniosło od 120 tysięcy do 600 tysięcy ludzi – być może nawet 45 procent ludności departamentu.
“Robespierre, Couthon, Danton. Carrier, Fouquier-Tinville – sama podrzędna palestra. Desmoulins – dziennikarzyna. Santerre – piwowar paryski. Historia zauważyła ich nie wcześniej, aż okoliczności pozwoliły im wspiąć się na polityczne szczudła. Ci ludzie mieli do wyboru dwie drogi: nicość lub władzę. Utrata jej w najlepszym razie oznaczała konieczność powrotu w mrok obskurnych kancelarii adwokackich, w kwaśny zaduch piwowarni. Chłopi wandejscy dopuścili się niewybaczalnej zbrodni, zakwestionowali prawo owych mężów do władzy, zapragnęli siekierami porąbać polityczne szczudła. Skazani więc zostali na śmierć”. – pisał Paweł Jasienica. Wandejczycy ponieśli najcięższą możliwą karę za wierność swej religii i królowi – śmierć przez zapomnienie.
Francja, świętując Wielką Rewolucję Francuską mówi o jej bohaterach, o przeciwstawieniu się przestarzałemu porządkowi. Wciąż bardzo rzadko wspomina jednak o wojnie domowej w Wandei, która zakończyła się ludobójstwem katolików.