Twierdza została wzniesiona sto lat wcześniej przy ujściu Zbrucza do Dniestru. Miała ona blokować linie zaopatrzeniowe łączące należący do imperium osmańskiego (w l. 1672-1699) Kamieniec Podolski z Mołdawią. Odzyskanie Kamieńca przez Rzeczpospolitą sprawiło, że znaczenie Okopów Św. Trójcy zmalało. Wewnątrz Okopów zaczęła się tworzyć osada. W 1700 roku August II nadał jej prawa miejskie.
Pod koniec 1768 roku w twierdzy pojawił się Kazimierz Pułaski, który zamierzał przezimować tu z oddziałem ok. 300 konfederatów. Rosjanie zaatakowali Polaków 8 marca 1769 roku. Pułaski starał się stawić im czoła, ale przewaga wroga była zbyt wielka.
„Pozostawiwszy 6 dział oraz zapewne sporo zabitych, wycofał się z podpalonej forteczki na stronę turecką. Rosjanie stracili podobno tylko 5 żołnierzy, a 15 odniosło rany – pisał Stanisław Makowski w „Okopach Św. Trójcy”. – Zdobyte na konfederatach armatki zatopili w Dniestrze. W tym samym czasie miał tu przebywać również walczący rzekomo u boku Pułaskiego bohater wielkiej przygody i pamiętnikarz - Maurycy Beniowski. Po wyparciu konfederatów Okopy używane były przez Rosjan jako baza wypadowa w toczonych po drugiej stronie Dniestru walkach z Turkami. Powoli jednak przekształcały się w osadę cywilną”.
Legenda dzięki Krasińskiemu
„Okopy Świętej Trójcy” zaistniały w świadomości Polaków dzięki „Nie-Boskiej komedii” Zygmunta Krasińskiego.
„Od baszt Świętej Trójcy do wszystkich szczytów skał, po prawej, po lewej, z tyłu i na przodzie leży mgła śnieżysta, blada, niewzruszona, milcząca, mara oceanu, który niegdyś miał brzegi swoje, gdzie te wierzchołki czarne, ostre, szarpane, i głębokości swoje, gdzie dolina, której nie widać, i słońce, które jeszcze się nie wydobyło. Na wyspie granitowej, nagiej, stoją wieże zamku, wbite w skałę pracą dawnych ludzi i zrosłe ze skałą jak pierś ludzka z grzbietem u Centaura” - pisał Krasiński w „Nie-Boskiej komedii”.