Władze komunistyczne nie od razu skupiły się na walce z Kościołem. Początkowo widywano nawet członków PZPR biorących udział w uroczystościach kościelnych. Z czasem w kościołach można było dostrzec, co najwyżej, kogoś ze Służby Bezpieczeństwa, kto obserwował przebieg mszy oraz zachowanie księży i wiernych. Bywało też, że ktoś należący do PZPR, kto wbrew linii partii, chciał np. ochrzcić dziecko, wyjeżdżał daleko poza miejsce zamieszkania, gdzie istniała mniejsza szansa, że ktoś na niego doniesie.
Komuniści zdawali sobie sprawę, jak silne są w Polsce tradycje katolickie. Przekształcanie społeczeństwa miało następować powoli, aż w końcu sami ludzie mieli nie czuć potrzeby bliskości z Kościołem.
Jeszcze w 1945 r. minister oświaty i działacz Związku Nauczycielstwa Polskiego, Stanisław Skrzeszewski zapewniał, że „stosunek do nauczania religii nie ulegnie zmianie”, lecz w tym samym czasie władze dały rodzicom możliwość wypisania dzieci z lekcji religii. Komuniści dawali pozornie prawo wyboru, lecz w dłuższej perspektywie chodziło o wychowanie „nowego” człowieka. Zwracał na to uwagę już kardynał Adam Sapieha w artykule zamieszczonym w „Tygodniku Powszechnym”. Pisał on: - Obowiązkiem naszym jako Polaków i katolików jest stanowczo żądać, aby młodzież nasza była wychowywana i kształcona na zasadach katolickich, aby nauka wiary w szkołach należne i pierwszorzędne miejsce zachowała. Wszelkie niezgodne z tym zamiary musimy bezwzględnie odpierać.
Kardynał podkreślał, że władza posuwa się coraz dalej w utrudnianiu księżom posługi duszpasterskiej dla chorych i więźniów, niszczy prasę katolicką, indoktrynuje obywateli oraz szkaluje duchowieństwo i hierarchię kościelną.
Od 1948 r. komuniści coraz bardziej otwarcie walczyli z Kościołem, zaczynając od odebrania części majątków ziemskich, które do niego należały. Dwa lata później prymas Stefan Wyszyński i kardynał Sapieha we wspólnym liście do władz PRL pisali: -Mamy wiele podstaw w materiale dowodowym do stwierdzenia, że na odcinku wychowania dzieci w przedszkolach i młodzieży, nie idzie już o walkę z Kościołem jako społecznością religijną, o charakterze prawno-publicznym. Idzie tutaj o walkę z wszelkimi przejawami życia i dążeń religijnych człowieka.
Już w roku 1950 władze celowo nie uwzględniły lekcji religii w siatce godzin. Organizacją nauczania religii mieli zająć się sami proboszczowie we współpracy z dyrektorami szkół, które leżały na terenie danej parafii. Rzecz jasna, takie współdziałanie układało się bardzo różnie. Coraz więcej szkół w ogóle rezygnowało z lekcji religii.
Po śmierci Bolesława Bieruta religia wróciła w szkołach, w których rodzice wyrazili na to zgodę, jednak z zastrzeżeniem, że odbywać się może jedynie na pierwszej lub ostatniej lekcji.
Pomimo prowadzonych przez komunistów działań, ludzie nie odwracali się masowo od dotychczasowych tradycji. Kiedy w roku 1951 zmarł kard. Sapieha, jego pogrzeb stał się okazją do zamanifestowania narodowego przywiązania do Kościoła. Internowanie kard. Wyszyńskiego dwa lata później, tylko pogłębiło sprzeciw wobec działań wymierzonych w duchowieństwo.
W 1957 r., decyzją władz, ocena z religii zniknęła ze świadectw. Na ścianach nie wolno było wieszać krzyży. Osoby zakonne miały zakaz nauczania religii, a decyzję te uzasadniono tym, że duchowni w szkołach szerzą idee nietolerancji. Wszystkie te decyzje sprawiły, że na początku lat 60. lekcje religii odbywały się jeszcze w zaledwie jednej czwartej szkół.
15 lipca 1961 r. religia ze szkół zniknęła na dobre. Stało się to za sprawą ustawy, którą uchwalił Sejm PRL, pod nazwą „O rozwoju systemu oświaty i wychowania”. Stwierdzano w niej, że nauczanie ma mieć wyłącznie charakter świecki.
Religia, dzięki staraniom księży i katechetów przeniosła się do przykościelnych salek i punktów katechetycznych. Władze jednak tego również nie ułatwiały, np. wymuszając na dyrektorach układanie planów lekcji w ten sposób, aby dzieci nie mogły uczestniczyć w lekcjach religii lub miały bardzo mało czasu na dotarcie na miejsce.
To zaczęło zmieniać się dopiero w latach 80., już po powstaniu Solidarności. Uzgodniono wówczas, że dyrektorzy i duchowni mają opracowywać plany lekcji wspólnie.
Religia do szkół powróciła w latach 90. Nadal jednak, co jakiś czas, rodzi się dyskusja, czy religia powinna być przedmiotem szkolnym.