Chruszczow był może nawet zadowolony z odmowy profesora, gdyż Weigl zostawał we Lwowie w zasięgu jego bezpośredniej władzy, więc można się było nim chwalić. Zakład produkujący szczepionki stał się częścią lwowskiego Instytutu Sanitarno-Bakteriologicznego i produkował szczepionkę na potrzeby Armii Czerwonej.
Pod kuratelą Wehrmachtu
Podczas sowieckiej okupacji Lwowa Weigl otrzymał od niemieckiej misji repatriacyjnej propozycję wyjazdu do Niemiec. Odmówił. Natomiast za czasów niemieckich sprawą Weigla zajął się Fritz Katzmann, dowódca SS i Policji w Dystrykcie Galicja. Przedstawił profesorowi propozycję zdeklarowania się jako reichsdeutsch oraz podjęcia pracy w Berlinie. Weigl odmówił, twierdząc, że chociaż nie wypiera się niemieckiego pochodzenia, czuje się związany ze społeczeństwem polskim. Katzmann zaczął go straszyć, mówiąc, że władze niemieckie mają sposoby na zmuszanie opornych do uległości. Odpowiedział Niemcowi, że ostatnio życie stało się bardzo smutne i trudniejsze. Więc jeśli chcą go zabić, to zrobią mu przysługę. A on zostanie polskim bohaterem narodowym. Weigl nie zmienił zdania nawet wówczas, gdy Katzmann zaproponował użycie niemieckich wpływów, by mógł otrzymać nagrodę Nobla.
Dla armii niemieckiej był jednak zbyt ważny, by można go było zamordować lub represjonować. Musiał jednak przyjąć do wiadomości, że jego zakład będzie produkował szczepionki dla niemieckiej armii. Stał się podwładnym Hermanna Eyera, kierownika laboratoriów przeciwtyfusowych w Generalnym Gubernatorstwie. W pamięci pracowników zakładu Eyer zapisał się jako uczciwy człowiek, który starał się nie szkodzić Polakom.
Nierozstrzygnięta pozostaje sprawa rzekomego produkowania niepełnowartościowych szczepionek dla Wehrmachtu. Niektórzy pracownicy instytutu Weigla upierali się, że tak właśnie się działo, i że sami w tym uczestniczyli, by osłabić armię niemiecką. Inni jednak stanowczo zaprzeczali, gdyż tego rodzaju sabotaż mógł się zakończyć tragicznie i dla Weigla, i dla jego podwładnych. A poza tym w grę wchodziła przecież etyka lekarska.
Podczas okupacji niemieckiej Weigl wykazał się wielką odwagą, gdyż za jego zgodą potajemnie dostarczano szczepionki do obozu dla Żydów przy ulicy Janowskiej we Lwowie oraz do warszawskiego getta. Odbiorcą był profesor Ludwik Hirszfeld – znakomity uczony, immunolog i bakteriolog walczący z tyfusem w dzielnicy żydowskiej. Jeździł do niego współpracownik Weigla, doktor Henryk Mosing, a także syn profesora, Wiktor. Dostarczyli mu około 30 tysięcy szczepionek, a oficjalnym powodem ich podróży było sprawdzanie na mieszkańcach getta działania wzmocnionej szczepionki lub pozyskiwanie nowych zarazków od chorych.
Ampułki ze szczepionką przeznaczoną dla Żydów i Polaków uzyskiwano pomniejszając produkcję dla Wehrmachtu, fałszując statystyki, a także produkując szczepionkę z odchodów wszy (oficjalna, kontrolowana przez Niemców procedura przewidywała produkcję z jelit tych owadów).
Weigl zgodził się też, by szczepionkę produkowaną według jego pomysłu wytwarzało krakowskie laboratorium profesora Odo Bujwida. Dzięki temu czemu Bujwid mógł dostarczyć 12 tysięcy ampułek ze szczepionką dla więźniów obozu Auschwitz-Birkenau.
Azyl
Z inicjatywy profesora do pracy w charakterze karmicieli wszy przyjęto wielu przedstawicieli lwowskiej inteligencji, w tym pracowników naukowych. Nie ograniczano się przy tym tylko do uznanych nazwisk, toteż na listach znalazło się wielu utalentowanych i obiecujących studentów. A dowód zatrudnienia w instytucie Weigla z pieczątką Wehrmachtu był najskuteczniejszym zabezpieczeniem przeciw łapankom i wywózkom na roboty do Niemiec. Karmienie wszy dawało także również dodatkowe pieniądze na życie i przydziały żywności. A praca zajmowała zaledwie godzinę dziennie, bo gdyby wszy karmiono dłużej, to one, niepohamowane w ssaniu krwi, popękałyby od jej nadmiaru.
Wśród karmicieli można było znaleźć wybitnych naukowców – Stefana Banacha, Władysława Orlicza i Bronisława Knastera – jak i młodych ludzi, którzy sławę zdobyli dopiero po wojnie – dyrygenta Stanisława Skrowaczewskiego, genetyka Wacława Szybalskiego, poetę Zbigniewa Herberta i literata Mirosława Żuławskiego. W 1971 roku Andrzej Żuławski, syn Mirosława, nakręcił okupacyjny thriller Trzecia część nocy, którego główny bohater zdobywa pracę w instytucie Weigla, choć w filmie nie pada nazwisko profesora ani nie pojawiają się informacje, że akcja dzieje się we Lwowie. Reżyser z dokumentalną dokładnością pokazał karmienie wszy, zarażanie ich bakteriami tyfusowymi przez „strzykaczy” oraz wypreparowanie z nich jelitek.
„Na liście osób – podsumowywał profesor Tomasz Cieszyński – które mogliśmy zidentyfikować jako pracowników zakładu profesora Weigla w okresie II wojny światowej, znajduje się ponad 80 nazwisk profesorów wyższych uczelni, spośród których około 80 proc. osiągnęło stopień samodzielnych pracowników nauki już po wojnie, albowiem w okresie »weiglowskim« w większości byli jeszcze studentami, a niektórzy z nich asystentami”.
W instytucie jako karmiciele wszy pracowało niemal całe dowództwo lwowskiej Armii Krajowej. Profesor doskonale zdawał sobie sprawę z faktu, kogo zatrudnia.
Rudolf Weigl pomagał także swoim żydowskim znajomym. Ludwik Fleck, jego dawny asystent, prowadził w getcie lwowskim własne badania nad szczepionką przeciwtyfusową. Profesor przekazał mu sprzęt laboratoryjny i szczepionki z instytutu. Uzyskał też zgodę Niemców, by mikrobiolog Henryk Meisel i jego żona mogli być doprowadzani z getta do jego instytutu. Później, gdy oboje zostali wywiezieni do obozu, pracowali tam dalej pod nadzorem Niemców. Natomiast córka Meiselów ukrywała się w pobliżu instytutu w budynkach ogrodu botanicznego, a następnie schroniła się w polskim klasztorze.
Pożegnanie z Lwowem
Wiosną 1944 roku, gdy Armia Czerwona zbliżała się do Lwowa, Niemcy ewakuowali wytwórnię szczepionek Weigla. Profesor otrzymał nakaz opuszczenia miasta i zamieszkał w Krościenku nad Dunajcem. Po wojnie został kierownikiem katedry mikrobiologii ogólnej Uniwersytetu Jagiellońskiego, a później objął katedrę biologii wydziału lekarskiego uniwersytetu w Poznaniu. Ministerstwo Zdrowia chciało utworzyć dla niego Instytut Riketsji z rozszerzeniem jego działalności o badania nad wirusami, ale produkcję szczepionki miał przejąć Państwowy Zakład Higieny. Weigl nie zgodził się i projekt założenia instytutu upadł.
Czytaj też:
Tajemnica zamachu na Bieruta. Kogo naprawdę zabił fałszywy enkawudzista?
Nie jest jasna sprawa wysunięcia przez władze komunistycznej Polski kandydatury Weigla do Nagrody Nobla w pierwszych latach po II wojnie światowej. Jedna z wersji mówi, że została zgłoszona, lecz demonstracyjnie wycofano ją, gdy upadła inna kandydatura – podobno Zofii Nałkowskiej – do nagrody literackiej. Na internetowej stronie Nagrody Nobla znajduje się informacja o licznych nominacjach dla Weigla z lat 30., lecz brak podobnych nominacji z lat powojennych. Oznacza to zapewne, że kandydatura Weigla jednak nie została zgłoszona. Jeśli tak było, to być może z powodu obawy przed skandalem, jaki mógłby wybuchnąć, gdyby rozeszła się wieść, że Weigl kierował instytutem pracującym dla Wehrmachtu.
Takie właśnie oskarżenie – o kolaborację z Niemcami – wysunął docent Zdzisław Przybyłkiewicz, który miał do Weigla żal o to, że ten negatywnie ocenił jego pracę habilitacyjną. Naukowiec kolportował zdjęcie profesora Weigla z jego dedykacją dla Hermanna Eyera. Tymczasem sam Przybyłkiewicz podczas wojny współpracował z Eyerem i nawet wspólnie z nim opublikował artykuł. Mimo to nawet po dziesięcioleciach upierał się przy swoich oskarżeniach.
Arthur Allen, autor książki książki „Fantastyczne laboratorium doktora Weigla” stwierdził, że walcząc z tyfusem profesor stał po stronie dobra, a „moralnej doskonałości nie mogło osiągnąć.
Władze Polski Ludowej doceniły wielkiego uczonego, przyznając mu w 1953 roku nagrodę państwową za całokształt pracy w walce z tyfusem. A mimo to ten wybitny uczony nie został członkiem Polskiej Akademii Nauk. Zadecydowało o tym również to, że nie zamierzał się wkradać w łaski władz komunistycznych.
Rudolf Weigl zmarł w Zakopanem w 1957 roku. Prawie pół wieku później, w roku 2003, otrzymał tytuł Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata, przyznany przez Instytut Yad Vashem za pomoc udzieloną Henrykowi Meiselowi, jego żonie i córce oraz matematykowi Bronisławowi Knasterowi ze słynnej lwowskiej szkoły matematycznej.