Od razu po zajęciu Polski Niemcy zabronili działalności Niepokalanowa, klasztoru pod Warszawą, który w 1927 roku założył o. Kolbe. Franciszkanin został wówczas, wraz z 37 braćmi, po raz pierwszy aresztowany. Niemcy całą grupę zwolnili 8 grudnia 1939 roku (akurat w święto Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny).
Po odzyskaniu wolności o. Kolbe rozpoczął wraz z innymi franciszkanami przygotowywanie Niepokalanowa do przyjęcia Polaków wyrzuconych przez Niemców z terenów wcielonych bezpośrednio do III Rzeszy. Zorganizował wówczas szereg zakładów produkcyjnych, w których przesiedleni Polacy mogli znaleźć zatrudnienie.
Kat z Pawiaka
Posługa o. Kolbego w Niepokalanowie została brutalnie przerwana 17 lutego 1941 roku, gdy pod franciszkański klasztor podjechały auta gestapowców. Niemcy zarzucali o. Kolbemu, że wbrew surowemu zakazowi w klasztorze działa nielegalne seminarium. O. Kolbe został aresztowany po raz drugi. Wraz z nim na Pawiak trafiło czterech innych braci.
Philippe Maxence, redaktor naczelny francuskiego dwumiesięcznika katolickiego „L'Homme nouveau”, autor książki „Maksymilian Kolbe. Kapłan, dziennikarz, męczennik” przekonuje, że powodem aresztowania była ożywiona działalność zakonnika, która stawała się coraz bardziej niepokojąca z punktu widzenia Niemców. Obawiali się oni, że w Niepokalanowie wokół o. Kolbego rośnie w siłę bastion oporu.
Pawiak był w sensie jak najbardziej dosłownym początkiem męczeńskiej drogi św. o. Maksymiliana Kolbe. Ten kapłan już tu na Pawiaku dał wyraz swojej niezłomności. Pewnego dnia niemiecki wachmajster otworzył drzwi celi. O. Kolbe był w habicie i miał zawieszony na szyi krzyż. Wachmajster wszedł do celi, wskazał ręką na krzyż i zapytał: »czy ty w to wierzysz?«. O. Kolbe potwierdził, że wierzy. Został za to uderzony w twarz. Wachmajster po raz drugi zadał to samo pytanie. Zakonnik udzielił takiej samej odpowiedzi. Znów został uderzony w twarz. Pytanie to padło po raz trzeci i gdy o. Kolbe znów powiedział, że wierzy w Chrystusa, wachmajster uderzył go po raz trzeci tak mocno, że duchowny upadł na podłogę - wyjaśnia Robert Hasselbusch, historyk z Muzeum Więzienia Pawiak.