Długoletni wróg Władysława Łokietka, wierny stronnik królów czeskich, był Ślązakiem, najprawdopodobniej wywodził się z wrocławskiej rodziny kupieckiej pochodzenia niemieckiego lub miejscowego, zniemczonej. Historycy uważają, że Jan Muskata znał język polski, ale uważał się za Niemca, a z pewnością tak był postrzegany w swoich czasach.

Urodził się ok. 1250 r. we Wrocławiu. Jego nazwisko czy może raczej przydomek – Muskata – ma pochodzić od gałki muszkatołowej, którą wraz z innymi przyprawami handlował jego ojciec. Ale wysuwano też przypuszczenia, że od łacińskiego słowa „musca” (mucha) lub od wina moscato, które podobno bardzo lubił. Rodzina przyszłego biskupa krakowskiego była majętna, skoro stać było ją na wysłanie syna na studia do Bolonii. Jego pierwsze godności kościelne to stanowisko kanonika katedralnego we Wrocławiu i oraz archidiakona w Łęczycy.

Wrocławska kariera

Jan Muskata był zaangażowany w spór biskupa wrocławskiego Tomasza II z Henrykiem IV Prawym (Probusem), księciem wrocławskim i śląskim. Konflikt miał naturę ekonomiczną. Książę zagarnął niektóre wsie biskupie, dziesięcinę, naruszał immunitet sądowy ziem biskupich. Ale było też narodowe tło zatargu. Jak zauważał Władysław Abraham, autor „Sprawy Muskaty”, bp. Tomasza popierał arcybiskup gnieźnieński Jakub Świnka, któremu podlegała diecezja wrocławska, a niemieckie mieszczaństwo stało za księciem Henrykiem Prawym, właściwie zniemczonym już Piastem. Z polecenia biskupa Muskata pojechał do Rzymu szukać tam wsparcia dla niego. Władysław Abraham pisał: „Poświęcenie się wyłącznie życiu duchownemu i obowiązkom stanu duchownego, do którego należał, nie odpowiadało, zdaje się, jego usposobieniu, toteż niedługo po powrocie na Śląsk rzucił się w wir spraw politycznych, które go całkowicie pochłonęły”. Z Rzymu wrócił Muskata z awansem na poborcę świętopietrza w Polsce i na Pomorzu, ale i naraził się na oskarżenie bp. Tomasza II o to, że zdefraudował nad Tybrem pieniądze przeznaczone na podarki dla kardynałów. Oskarżenie okazało się niesłuszne, ale – jak pisał ks. Norbert Jeżak, autor artykułu o konflikcie bp. Tomasza z księciem Henrykiem – „musiało być coś jednak nie w porządku, Muskata bowiem ani nie oddał rachunków, ani nie złożył w kurii sprawozdania”.