Spór o inwestyturę dotyczył (oficjalnie) kwestii mianowania biskupów. Tak naprawdę chodziło jednak o prymat nad całym światem chrześcijańskim. Do roli przywódcy pretendowali papież oraz panujący „z Bożej łaski” król niemiecki (cesarz rzymski).
Wzmocnienie pozycji papieża
Do połowy XI wieku roku papieża wybierał kler i lud rzymski. W praktyce oznaczało to, że wielką rolę w wyborze następcy świętego Piotra miał cesarz rzymski. W 1059 roku papież Mikołaj wydał dekret, w którym regulował kolejne wybory papieży. Od tamtej pory mieli być oni wybierani w wyniku konklawe, przez kolegium kardynałów. Ta zmiana najmocniej uderzyła w cesarza, który tracił ważną „prerogatywę”, a zarazem wpływ na politykę Stolicy Apostolskiej.
W 1056 roku zmarł cesarz Henryk III. Zostawił on cesarstwo wzmocnione. Przez lata miał wpływ na politykę większej części Europy. Jego następcą został jego syn Henryk IV, który jednak w chwili śmierci ojca miał zaledwie 6 lat. Władzę, w imieniu syna, sprawowała jego matka Agnieszka. Samodzielne rządy Henryk IV objął w roku 1065, mając lat 15. W tym czasie sytuacja wewnętrzna w cesarstwie pogorszyła się. Niektórzy wykorzystali okres małoletności króla (koronacja cesarska miała miejsce w roku 1084), aby wzmocnić własną pozycję. Wykorzystał to także papież Mikołaj, ogłaszając w 1059 roku wspomniany wyżej dekret.
W dalszych latach Mikołaj i kolejny papież Aleksander II dążyli do przeprowadzenia różnych reform w Kościele. Chodziło przede wszystkim o zapobieganie symonii (sprzedaży urzędów kościelnych) oraz o ochronę celibatu księży. Papiestwo dążyło także do uregulowania kwestii inwestytury, czyli nadawania stanowisk kościelnych i świeckich. Stolica Apostolska była zdania, że ten przywilej może należeć się jedynie papieżowi.
Konflikt Grzegorza VII i Henryka IV
Kiedy tylko Henryk IV Salicki objął samodzielne rządy jako król niemiecki (około 1065 roku) zaczął sprzeciwiać się dążeniom Stolicy Apostolskiej. Henryk uważał z kolei, że jedynie on ma pełne prawo do nadawania urzędów i obsadzania stanowisk, także kościelnych.
W pierwszych latach spór miał tylko ograniczony charakter. Sytuacja zmieniła się w 1075 roku, kiedy papież Grzegorz VII wydał dokument „Dictatus papae”. Pisał w nim, że to papież dysponuje prawem intronizowania i detronizowania władców świeckich (w tym cesarzy); nie może być przez nikogo sądzony, a także, że papież może zwolnić poddanych z posłuszeństwa wobec swojego władcy.
Cały dokument był dla Henryka niebezpieczny. Ostatni wymieniony wyżej punkt podważał władzę świecką w ogóle.
W tym samym roku Henryk IV, wbrew papieżowi, mianował nowego biskupa Mediolanu, a rok później zwołał synod do Wormacji, w czasie którego zgromadzeni przez króla Henryka biskupi uznali wybór Grzegorza VII za nieważny.
Na tak jawne pogwałcenie obowiązujących zasad papież był zmuszony odpowiedzieć równie silnie. 14 lutego w czasie synodu w Rzymie, który zgromadził się na wezwanie Grzegorza VII, papież ogłosił obłożenie ekskomuniką Henryka IV.
„Pójść do Canossy”
Trzeba pamiętać, że choć spory pomiędzy władzami kościelnymi nie były czymś nowym, czy to na zachodzie Europy, czy w Cesarstwie Bizantyńskim, to każdy taki konflikt wywoływał reakcję poddanych. Władca był Bożym pomazańcem, ale to papież był następcą świętego Piotra, namaszczonego przez samego Chrystusa. Nałożenie klątwy na władcę było traktowane jak wyklęcie jego wszystkich poddanych. Ludzie zaczęli więc szemrać i buntować się przeciwko władcy, od którego odwrócił się Bóg. Słabnącą pozycję Henryka IV zapragnęli wykorzystać przy okazji jego polityczni przeciwnicy, którzy powstali zbrojnie przeciwko królowi.
Henryk IV znalazł się w trudnym położeniu. Nie widząc innej możliwości na wzmocnienie swej pozycji, jak pogodzenie się z papieżem, na przełomie 1076 i 1077 roku wyruszył w niewielkiej procesji do Canossy, gdzie przebywał papież. Gdy dotarł na miejsce, król przyoblekł wór pokutny i stanął boso, w śniegu, pod bramą zamku Canossa. Henryk IV klęczał pod murami trzy dni. 22 stycznia 1077 roku Grzegorz VII zdjął ekskomunikę z króla.
Lekcja, jaką otrzymał Henryk w Canossie przeszła do historii w powiedzeniu „pójść do Canossy”, które oznacza ukorzenie, upokorzenie się po to, aby zyskać coś ważnego.
Niemniej sam Henryk nie wyciągnął ze swojego upokorzenia większej nauki. Kiedy tylko wrócił do Rzeszy zaczął na nowo działać przeciwko papieżowi. W 1080 roku ponownie zwołał synod, który usunął z tronu piotrowego Grzegorza. Papieżem (antypapieżem) wybrano jednocześnie Klemensa III. Cztery lata później Klemens koronował Henryka IV na cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego.
W tym czasie Grzegorz VII próbował, rzecz jasna, protestować, jednak jego sprzeciwy nie spotkały się wówczas z odpowiedzią. Tym razem to Grzegorz był coraz bardziej osamotniony. W 1085 roku umarł zapomniany przez wszystkich.
Spór o inwestyturę był kontynuowany. Zaangażowany był w niego następca Henryka, Henryk V oraz kolejny papież Paschalis II (którego Henryk V nawet uwięził). Spór został zakończony w roku 1122 podpisaniem konkordatu w Wormacji, którego sygnatariuszami byli Henryk V i papież Kalikst II. Władca świecki zgadzał się, że biskupów mianować miały od tamtej pory kapituły katedralne i zakonne. Jednocześnie cesarz mógł odbierać przysięgi wasalne od książąt i innych osób świeckich