Zjawisko oporu Kościoła wobec komunistów w pierwszych latach ich rządów miało bardzo różnorodny charakter. Po pierwsze, było to bezpośrednie zaangażowanie części duchowieństwa w działalność podziemną, bezwzględnie zwalczane przez władze komunistyczne. Po drugie, troska Episkopatu Polski o zachowanie niezależności i uniknięcie ubezwłasnowolnienia Kościoła. Postawa biskupów wobec nowych władz nie była rzecz jasna jednorodna, ale każdy z hierarchów rozumiał, że nie można pozwolić na zbyt daleko idącą ingerencję komunistów w wewnętrzne sprawy kościelne. Z tego względu aż do aresztowania prymasa Stefana Wyszyńskiego spory w łonie Episkopatu nie wychodziły na zewnątrz, choć były nieraz daleko idące. Najsilniej było to widać w biegunowo różnych postawach bp. Czesława Kaczmarka (ordynariusza kieleckiego) i bp. Michała Klepacza (ordynariusza łódzkiego). Ten pierwszy był najbardziej krytycznie nastawiony do władz Polski „ludowej” i zdecydowanie podkreślał niezależność Kościoła, podczas gdy drugi ze wspomnianych hierarchów optował za polityką kontrolowanych ustępstw wobec komunistów.

W Episkopacie zdawano sobie równocześnie sprawę, że walka zbrojna z nowymi władzami jest pozbawiona jakichkolwiek szans na zwycięstwo. Mimo to najważniejsi biskupi utrzymywali kontakt z podziemiem. Kardynał Hlond otrzymywał co miesiąc raporty WiN, a abp Adam Stefan Sapieha z pomocą swoich kurialistów odbywał spotkania z ludźmi zaangażowanymi w działalność konspiracyjną. Także podczas rozmów z przedstawicielami władz biskupi dość jasno wskazywali, że ich sympatia znajduje się po stronie antykomunistycznej. Sekretarz Episkopatu, bp Choromański, na pytanie ministra Władysława Wolskiego (odpowiadającego wówczas ze strony władz za relacje z Kościołem), dlaczego Episkopat nie wyda „jakiegoś orędzia w sprawie leśnych band i bratobójczych walk zza węgła”, odpowiedział, że taki komunikat został upubliczniony w maju 1946 r. i odczytany we wszystkich kościołach wbrew naciskom ze strony władz. Biskupi zwrócili uwagę na „sprawę niepokojów w kraju i osobistego bezpieczeństwa obywateli […] na gwałcenie wolności osobistej, na zabijanie bez sądowego udowodnienia winy […]. To niesłychane w dziejach gwałcenie przyrodzonych praw człowieka i poniżanie godności ludzkiej musi się odbić niekorzystnie na losach całego Narodu”. Zarówno hierarcha, jak i minister wiedzieli dobrze, że w rzeczonym komunikacie Episkopat potępił bandytów, ale z UB…