Siostra Zygmunta Augusta była ostatnim przedstawicielem dynastii Jagiellonów w kraju i gdy okrzyknięto ją królem Polski, Batory miał się stać władcą iure uxoris, czyli panować z tytułu bycia jej mężem. Władca Siedmiogrodu uznał, że polska korona warta była pewnych poświęceń, i zaraz po ślubie spędził trzy noce z żoną. Wywarło to wielkie wrażenie na Jagiellonce, która pozostając w stanie panieńskim, nie miała dotychczas podobnych doświadczeń. „Widzę jako chłopa dopadła – relacjonował kasztelan miński Jan Hlebowicz – gębę nosi wysoko i hardo, ale widzę po samym [Batorym], że go rządzić nie będzie, bo prawy chłop i, by nie trwoga, widzi mi się, że sobą nie dał tak bardzo rządzić”.

Noce spędzone z małżonką musiały też zrobić duże wrażenie na królu, gdyż od tej pory jak ognia unikał podobnych sytuacji i nawet barykadował się w swojej sypialni. Nigdy zresztą specjalnie nie był zainteresowany seksualną stroną życia, a polityka i wojna całkowicie go pochłaniały. Przed przybyciem do Polski dwie rzeczy niepokoiły go najbardziej – małżeństwo z królową już dosyć w wiek podeszłą i pospolite ruszenie. Na pierwszy ogień poszła żona, którą odsunął od snucia intryg. W tej sytuacji Anna przeniosła się do Warszawy, natomiast Batory najczęściej rezydował w Grodnie, skąd było bliżej do zagrożonych granic państwa na wschodzie i północy. Gdy jednak jego zwolennicy zaproponowali unieważnienie małżeństwa, tak by mógł ponownie się ożenić i mieć potomstwo, kategorycznie odmówił. Węgier dobrze pamiętał, do czego się zobowiązał.

Omdlenia i zapaści

„Nie smakował nigdy w próżnym przepychu – wspominał jeden z kronikarzy – […] budowy był ciała dosadnej, kształtnej i mocnej, rysy twarzy miał piękne i wyraziste, ręce żylaste. Jednym słowem, wszystko w nim tchnęło krzepkością i zdrowiem”. Opinię tę zdawały się potwierdzać jego odporność na trudy wojenne i upodobanie do łowów. Jednak najbliżsi współpracownicy dobrze wiedzieli, że władca wcale nie jest takim okazem zdrowia, za jaki chciał uchodzić. Jeszcze w Siedmiogrodzie zdarzały mu się tajemnicze omdlenia czy zapaści, chociaż w miarę szybko dochodził do siebie. Podejrzewano epilepsję, chociaż ataki te miały wręcz katatoniczny charakter. Nic nie wiadomo o zaburzeniach psychicznych Batorego, możliwe zatem, że ataki miały podłoże neurologiczne.