Pod koniec lat 80. komunistyczne władze myślały nad zorganizowaniem wyborów, w których udział wzięłaby także część opozycji. Komuniści zakładali, że będzie to jakaś partia chadecka. Zdanie „zmieniono” po zakończonych rozmowach w Magdalence, gdzie uzgodniono legalizację NSZZ „Solidarność” i wyrażono zgodę na dołączenie jej kandydatów do wyborów parlamentarnych.
W czasie obrad Okrągłego Stołu postanowiono o utworzeniu urzędu prezydenta, którego wybierze Zgromadzenie Narodowe, czyli wspólnie Sejm i Senat. Planowano, że kadencja prezydenta trwać będzie 7 lat, lecz ostatecznie ustalono, że będzie to 6 lat. Prezydent miał otrzymać bardzo szerokie kompetencje: jego rola miała być nadrzędna nad innymi rodzajami władzy, miał otrzymać zwierzchnictwo nad siłami zbrojnymi, prawo desygnowania premiera, powoływania rządu i przewodniczenia jego obradom, zarządzać wyborami do parlamentu i rad narodowych oraz otrzymać prawo weta.
Komuniści od początku wysuwali kandydaturę Wojciecha Jaruzelskiego, jednak nawet w obozie władzy nie było powszechnej zgody na jego wybór. 30 czerwca ulicami Warszawy przeszła manifestacja pod hasłem „Jaruzelski – musisz odejść”. Tego dnia, podczas XIII Plenum KC PZPR,, gen. Jaruzelski sam zrezygnował z kandydowania na najwyższy urząd w państwie, proponując, zamiast siebie, Czesława Kiszczaka. Jednak sprzeciw wobec Kiszczaka był jeszcze większy, jego osobę całkowicie odrzucała „Solidarność” i przeczuwano, że nie ma on szans, aby zostać prezydentem. Wewnątrz partii trwały naciski na Jaruzelskiego, aby ponownie zgodził się kandydować. „Naciski KC PZPR na Jaruzelskiego, by zmienił decyzję, miały stworzyć wrażenie, że jest on mężem opatrznościowym, gwarantującym bezpieczeństwo przemian w Polsce wobec Kremla”. – pisał Wojciech Roszkowski w „Najnowszej Historii Polski”.
3 lipca 1989 r. Adam Michnik na łamach „Gazety Wyborczej” w artykule pt. „Wasz prezydent, nasz premier" odniósł się do „sporu” o to, kto powinien zostać prezydentem. Przypomniał to, co postanowiono przy Okrągłym Stole. - Potrzebny jest układ nowy, możliwy do zaaprobowania przez wszystkie główne siły polityczne. Nowy, ale gwarantujący kontynuację. Takim układem może być porozumienie, na mocy którego prezydentem zostanie wybrany kandydat z PZPR, a teka premiera i misja sformowania rządu powierzona kandydatowi Solidarności. – podkreślał redaktor naczelny „Wyborczej”.
Trzy dni później w tej samej gazecie ukazał się sondaż, w którym ankietowani wskazywali najlepszych, swoim zdaniem, kandydatów na premiera i prezydenta PRL. O zdanie na ten temat zapytano ponad tysiąc osób w 31 miastach. Spośród ankietowanych najwięcej głosów otrzymał Wojciech Jaruzelski. Następni w kolejności byli Lech Wałęsa, Bronisław Geremek, Czesław Kiszczak, Aleksander Gieysztor i Mieczysław Rakowski. Na urząd prezesa Rady Ministrów typowano zaś Mieczysława Rakowskiego, Bronisława Geremka, Witolda Trzeciakowskiego, Ryszarda Bugaja i Jacka Kuronia oraz kilka innych osób.
18 lipca Jaruzelski ponownie zgodził się kandydować na najwyższy urząd w państwie, uzyskując jednocześnie poparcie NSZZ „Solidarność”.
Zgromadzenie Narodowe zebrało się 19 lipca 1989 r. Głosowanie odbywało się poprzez oddawanie głosów do urny. Prawo głosu miał każdy poseł i senator. Jaruzelski był jedynym kandydatem na stanowisko głowy państwa. Z tego powodu Marek Jurek, poseł OKP (Obywatelski Klub Parlamentarny) odmówił udziału w wyborach. - Wobec wystawienia tylko jednej kandydatury na prezydenta stwierdzam, że w wyborach tych, które nie są autentycznymi wyborami, w których przedstawicielstwo narodu wybierałoby prezydenta spośród wielu kandydatów, w wyborach takich brać udziału nie będę – oświadczył
Po przeliczeniu głosów, marszałek Sejmu, Mikołaj Kozakiewicz ogłosił, że Wojciech Jaruzelski został wybrany prezydentem PRL.
Jaruzelski wygrał zaledwie jednym głosem. Za jego kandydaturą głosowało 270 zgromadzonych, przeciw było 233, 34 wstrzymało się od głosu, a 16 w ogóle nie wzięło udziału w głosowaniu.
Złożenie przysięgi przez nowo wybranego prezydenta odbyło się tego samego dnia o godzinie 22:40. Wojciech Jaruzelski został prezydentem Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej, a od 31 grudnia 1989 r. –prezydentem Rzeczpospolitej Polskiej.
Swój urząd sprawował dość krótko. 19 września kolejnego roku Jaruzelski przesłał do marszałka Sejmu projekt ustawy skracający jego kadencję. 25 listopada (I tura) i 9 grudnia (II tura) 1990 r. odbyły się pierwsze powszechne wybory prezydenckie, które wygrał Lech Wałęsa.