Aresztowano ją za pomocą podstępu, wzywając pod fałszywym pretekstem, ponieważ komuniści obawiali się jawnego zatrzymania zakonnicy. Siostra Izabela Maria Zofia Łuszczkiewicz została aresztowana 27 sierpnia 1948 r. przez funkcjonariuszy Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie. Osadzono ją w areszcie śledczym przy pl. Inwalidów w Krakowie, a potem przeniesiono ją do więzienia na Montelupich. Kilka dni później s. Łuszczkiewicz trafiła do Warszawy – najpierw do siedziby Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego na ul. Koszykowej, a następnie na Rakowiecką do więzienia mokotowskiego, gdzie przetrzymywano najważniejszych więźniów politycznych.

Śledztwo w jej sprawie osobiście nadzorował Józef Różański – niesławny dyrektor Departamentu Śledczego MBP. Śledczy stosowali metody psychicznego niszczenia więźnia, przyznawania kar i nagród: „Nazajutrz znów zawezwał mnie […] oficer i już bardzo grzecznie namawiał do złożenia podpisu w zamian za natychmiastowe wypuszczenie mnie na wolność, i zapewniał, że tak Zgromadzenie, jak i rodzina będą we wszystko opływać. Kategorycznie odmówiłam, gdyż czyste sumienie droższe mi było i jest nad życie. Wtedy to zaczęło się potworne śledztwo kierowane osobiście przez Różańskiego” – wspomniała niezłomna zakonnica.

Siostra Izabela była okrutnie torturowana i brutalnie przesłuchiwana przez cały okres śledztwa. Zostawiła na ten temat poruszające świadectwo: „W ciągu tych długich miesięcy, prawie dwóch lat, przeszłam okropne śledztwo i przebywałam w okropnych warunkach higienicznych, na betonie i sienniku, można powiedzieć o głodzie, bo odżywianie było bardzo nędzne, a śledztwo po parę godzin kilka razy w ciągu 24 godzin […]. Oprócz bicia, przysiadów do dwóch tysięcy naraz miałam jeszcze tzw. stójki. Polegały one na tym, że w czasie zimnych dni i mroźnych stałam boso na betonie tylko w koszuli tyłem do okna i tuż pod oknem, z którego wyjmowano szyby. Na domiar wszystkiego jeszcze w nocy zlewano mnie konewkami zimnej wody.